Van Houten trad als liberaal afgevaardigde van het district Groningen toe tot de Tweede Kamer. In Den Haag leerde men Van Houten kennen als een liberaal politicus. De Groninger was fel tegen speciaal onderwijs en een pleibezorger van anti-conceptie in Nederland. Dit onder meer nadat zijn eerste vrouw kort na de geboorte van hun zevende kind was overleden. Daarnaast was hij van mening dat de staat geen kunstmatige nivelleringspolitiek moest uitoefenen.

Kinderwetje

 Hoewel Samuel van Houten was opgegroeid in een liberaal nest waar Thorbecke naar eigen zeggen niet alleen werd gesteund, maar in de vollen zin des woords werd vereerd was de Groninger het als Kamerlid geregeld niet eens met Thorbecke. Deze liberaal premier zei het volgende tegen Samuel van Houten toen deze aandrong een wet op de kinderarbeid op te stellen: “Wat door de kracht van de burgerij kan worden te weeg gebracht, al duurt het iets langer, dat moet de wetgever niet willen doen”. Van Houten was het daar dus niet mee eens.

In 1874 werd er toch, op aandringen van Van Houten, een wet aangenomen die kinderen moest beschermen voor te zwaar werk en verwaarlozing. Tot die tijd was het in Nederland heel gangbaar dat jonge kinderen werkten in onder meer fabrieken. De wet werd op 19 september 1874 aangenomen en kreeg de naam Kinderwetje van Van Houten. Vanaf dat moment was het verboden om kinderen jonger dan twaalf in dienst te hebben of te nemen. Het Kinderwetje van Van Houten was de eerste sociale wet in Nederland.

Kieswet-Van Houten
Van Houten werd in 1894 minister van binnenlandse zaken in Kabinet-Röell. Na twee jaar bracht hij een nieuwe kieswet tot stand die de helft van de mannelijke volwassenen ouder dan 25 het recht gaf te stemmen. De verkiezingsstrijd van 1894 had vrijwel geheel in het teken gestaan van de uitbreiding van het kiesrecht. Van Houten ging echter niet zo ver als zijn voorganger minister Tak van Poortvliet in 1892 had voorgesteld. Deze was dat jaar met een wetsvoorstel gekomen waardoor iedere volwassen man die kon lezen en schrijven het kiesrecht zou krijgen. Vanwege felle tegenstand trok Tak van Poortvliet zijn wetsvoorstel in.